高蛋白饮食包括摄入更多的蛋白质来减肥或增加肌肉。除了减肥，高蛋白饮食的副作用还有可能损害节食者的健康，并导致长期的后果。高蛋白饮食会增加血压和胆固醇水平，也会消耗体内必需的营养物质。快速减肥还会损害新陈代谢和肾脏。
蛋白质有多种来源，包括大豆、鸡蛋、坚果和肉类。这些食物中的许多都含有较高的饱和脂肪，因为它们大多来源于动物。饮食中增加动物脂肪会长期增加血液胆固醇。这会增加动脉阻塞的风险。
高血压与高蛋白饮食有关。从动物制品中提取的食物往往含有更多的钠。例如红肉、培根、熟肉和火腿。摄入更多富含钠的食物会显著增加患高血压的风险，并会使原本就存在的高血压恶化。
高蛋白饮食的副作用也会影响肾脏。肾脏因摄入过多蛋白质而过度劳累。如果节食者之前就有肾脏问题，这可能是有害的。肾脏自然地帮助身体排除蛋白质废物。随着蛋白质含量的增加，肾脏很难跟上废物处理的速度。
长期食用高蛋白食物几乎不可避免地会导致心脏和肾脏的慢性疾病。中风和2型糖尿病是与这种饮食有关的其他疾病。节食者可能会因为每日营养摄入不足而患上癌症。
一些高蛋白饮食还限制碳水化合物的摄入量，同时增加蛋白质的摄入量。碳水化合物普遍存在于各种有益心脏健康的食物中，包括一些水果、蔬菜、全麦面包、燕麦片、土豆和糙米。这类食物还含有高纤维含量，可以在肠道中产生大量纤维，降低患心脏病的风险。富含纤维的食物有助于降低血压，增加重要的矿物质，如镁和钾。限制纤维和基本矿物质的摄入会导致高血压。
从长远来看，高蛋白饮食的副作用可能最终导致体重增加。过快地减重会破坏新陈代谢。新陈代谢负责将热量和多余的脂肪转化为能量。快速减肥会将新陈代谢降低到一个很低的水平，以至于身体不能自行燃烧过多的卡路里。这会导致体重增加。
许多健康专家认为高蛋白饮食的副作用大于增加蛋白质摄入的好处。大多数营养学家建议有希望减肥的人选择均衡饮食来减肥，而不是高蛋白饮食。结果可能不会很快出现，但它们更有可能持续下去。均衡的饮食也可以确保一个人在达到减肥目标的同时保持最佳的健康状态。